Le 9 octobre 1949, Moshé Dayan est nommé commandant du front sud avec le grade de Général.Cette nomination intervient alors que le général en poste, Ygal Allon séjourne à l’étranger et sans aucune concertation ou information préalables. Les hommes d’Ygal Allon voient dans la façon avec laquelle Dayan parvient à ce poste une forme de destitution et d’affront, et de nombreux officiers du l’État major sud qui avaient servi sous le commandement d’Allon au cours de la guerre d’indépendance s’en vont en protestant. Mais Dayan n’en a cure et nomme rapidement leurs remplaçants.
L’environnement aride du Néguev impressionne Dayan. Les paysages septentrionales auxquels il est habitué depuis son enfance lui apparaissent comme un parterre de fleurs moelleux en comparaison de ce vaste désert dégagé, brulant, sec et qui dégage tant de puissance. Comme à son habitude il parcourt fréquemment la région à bord de sa jeep. Là aussi il veut réparer les conséquences de la guerre. Il rencontre des officiers de la légion arabe qu’il connaît depuis les négociations à Rhodes ou à Jérusalem. Il met fin à des disputes qui éclatent le long de la longue frontière qui part des pentes des collines d’hebron jusqu’à l’Arava, et de la Mer morte jusqu’à Eilat.
À une occasion, la dispute aboutit à un échange de tirs. Juste après la conquête d’Eilat, Tsahal avait aménagé une route le long de l’areva. Les jordaniens affirment qu’au kilomètre 78, cette route pénètre dans leur territoire et ils obstrue avec des pierres et des barrières. Une unité jordanienne est postée pour surveiller le barrage. Dayan arrive rapidement et à bord d’un petit avion il inspecte la zone. A sa demande l’avion descend si bas qu’il heurte sans dommage le sol avant de rebondir vers le haut. Dayan envoie un avertissement aux jordaniens par lequel il exige d’eux qu’ils évacuent la zone mais il reçoit une réponse négative. Il réagit en ordonnant à un bataillon de blindés de se placer en état d’alerte et prêt à attaquer la route. Quand les jordaniens ouvrent le feu, il ordonne de les bombarder à coups de mortiers et de les déloger de la position. Quelques jours plus tard des inspecteurs de l’ONU jugent que les affirmations des jordaniens sont justifiées. Dayan ordonne l’évacuation de la route et d’aménager une voie de contournement.
L’incident s’est déroulé sans faire de victime mais il met en lumière deux qualités que l’on observera fréquemment par la suite : d’une part réagir de manière énergique, rapide et déterminée chaque fois qu’il lui semblera que l’on porte atteinte aux intérêts d’Israël, et d’autre part savoir changer d’avis et réparer une erreur commise.
A la fin de l’année 1950, on apprend que l’Arabie Saoudite a cédé provisoirement à l’Egypte Tiran et Snapir, deux iles situées à l’entrée du golfe d’Aqaba.Les égyptiens déclarent leur intention de bloquer la navigation des navires israéliens à partir d’Eilat. Dayan propose à l’État major de préparer une riposte militaire dans l’hypothèse où les égyptiens mettraient leur menace à exécution, bien qu’à cette époque cette affaire n’avait aucune consistance car à cette époque, à Eilat, il n’y a pas de port, ni même de rade temporaire et aucun navire ne s’apprête à prendre la mer vers Tiran. En conséquence de quoi, les égyptiens ne tentent même pas d’exécuter leur menace. De toute façon le chef d’État major informe Dayan que le gouvernement a décider de commencer par une approche diplomatique. Sept ans plus tard, cette affaire sera l’une des causes du déclenchement de la seconde guerre de l’histoire d’Israël et elle occupera alors toute l’attention de Dayan devenu le chef d’État major. Pour l’heure il ne s’agit que de signes avant coureurs d’une tempête à venir.