Les relations compliquées avec les syriens constituent un autre sujet de préoccupation pour Dayan, commandant du front nord. Ralph Bunche, le délégué de l’ONU en charge des négociations entre syriens et israéliens à propos du cessez le feu, avait laissé plusieurs questions en attente de réponses définitives et qui étaient sujettes à des interprétations divergentes comme le droit des citoyens syriens à pécher dans le lac de Tibériade, le droit des israéliens à développer des zones définies comme démilitarisées, le droit à exploiter les eaux du Jourdain. Ces questions allaient tracasser les deux camps pendant de nombreuses années.

Dayan ne revient pas sur la décision d’assécher le lac du ‘Houlé et sur la réalisation le plus tôt possible de l’ambitieux programme visant à détourner les eaux du Jourdain vers le Neguev aride. Il utilise son aptitude à aplanir les difficultés par des contacts directs avec les syriens comme il s’y était employé avec succès à Jérusalem. Il tisse des liens avec Salah Jadid, l’officier supérieur syrien qui participait à la commission sur le cessez le feu et futur dirigeant de la Syrie. Mais cette fois-ci le charme de Dayan ne fonctionne pas. Les syriens sont beaucoup plus durs et présentent des exigences intransigeantes. L’unique point sur lequel un accord est trouvé consiste à terminer les rencontres par un déjeuner qui se déroule dans une atmosphère agréable et cordiale. Les problèmes qui ne trouvent pas de solutions s’aggraveront au cours des années et paveront dans les années 60 la voie qui conduira à la guerre des 6 jours.